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プレスリリース



分子動力学(MD)計算専用サーバーを開発
〜バイオIT事業の強化に向け、創薬シミュレーション分野の市場開拓〜

2004年10月01日

日本電気株式会社

NECはこのたび、富士ゼロックス株式会社から継承した分子動力学(MD:Molecular Dynamics)計算専用ハードウェア「MDエンジン」(注1)の技術をもとに、NEC独自のLSI・コンピュータ技術を適用し、分子動力学計算専用サーバーの開発に着手いたしました。

従来、バイオ分野においてたんぱく質の特性を分析するにあたり、たんぱく質を構成する原子に働く相互作用力を、バネや静電気力のような簡単な力学モデルで近似し、それらの原子によって構成される分子の熱運動をコンピュータ上でシミュレーション(分子動力学計算)することで、たんぱく質の形状や動きを予測する手法がとられてきました。しかしながら、たんぱく質のような巨大分子について正確に予測するには、何日、何ヶ月というような膨大な計算時間がかかることから、基礎研究レベルの利用に用途が限られておりました。

このたび開発いたします、分子動力学計算専用サーバーでは、分子動力学計算の大半を占める原子間力の計算を専用のハードウエアで高速・高精度にて行い、通常のPCサーバーに比べて計算時間を100分の1以下に短縮することで、実用化に向けたシステムを実現致します。

NECでは、従来から、たんぱく質と化合物の結合を予測し、製薬企業における創薬研究を支援する「in silico (イン・シリコ)創薬」スクリーニングシステム(ソフトウェア)(注2)の研究開発を進めてきており、製薬企業との共同研究などにより、実際の抗がん剤開発への適用も進めてまいりました。
このたび開発いたします、分子動力学専用サーバーと「in silico (イン・シリコ)創薬」スクリーニングシステムを組み合わせることによって、製薬企業等における創薬研究を更に加速・効率化することが可能になります。
NECでは、来年度を目処に本サーバーの製品化を目指すとともに、トータルシステム「創薬支援ソリューション」としても提供する予定であります。

ヒトゲノムの解読後、分子レベルでの生体メカニズム・疾患メカニズムの解明が加速しております。これに伴い、疾患に特異な生体分子(標的たんぱく質)に対して選択的に作用する物質を用いることによって、疾患への効果が高く、副作用の少ない薬剤を設計・開発する「ゲノム創薬」への期待が高まっております。エックス線解析や核磁気共鳴分析(NMR)によるたんぱく質立体構造の解明も進んでおり、コンピュータシミュレーション技術を用いた、標的たんぱく質の立体構造に基づく薬剤設計(SBDD: Structure-Based Drug Design)への期待も高まっております。

このたび、開発する分子動力学(MD)計算専用サーバーは、創薬研究の一層の迅速化・効率化の実現に向けて大きな役割を果たすものと考えます。

以上


(注1) MDエンジンは富士ゼロックス株式会社から譲り受けたNECの登録商標
(注2) コンピュータを用いて、たんぱく質など高分子の立体的形状に基づいて、多数の薬剤候補化合物について、たんぱく質のどの部位にどのように結合しうるのか(ドッキングモード)、またその結合の強さがどの程度であるのか(アフィニティ)、を予測することによって、従来のin vivo(生体を用いた研究)、in vitro(試験管内の研究)の補助として、効率的な創薬支援をするシステム

<本件に関するお客様からのお問い合わせ先>

NEC HPC販売推進本部

電話: (03)3798-9131 (直通)
E-mail: info@hpc.jp.nec.com


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